当別院は京都の東本願寺を本山と仰ぐ、真宗大谷派の横浜別院であります。その起源は、横浜開港間もない1866年（慶応2年）8月、本山第二十一世厳如上人が、当時の武蔵国久良岐郡横浜村に本山二十八日講を組織し、聞法の機会をつくられたことに始まるもので、現在まで約150年の歴史があります。
本来別院とは、地方における教化の中心道場であります。
この果てしなく混迷する現代社会の只中にあって、宗祖親鸞聖人のお示し下された御教（みおしえ）を、ひとりでも多くに人に伝えていくべき使命を果たして参りたいと願っております。
皆様におかれましては、お気軽にご参詣下さい。

1872年横浜市中区太田町六丁目に浅草別院横浜出張所建立。1907年神奈川県下を崇敬区域として、中区長者町に本願寺横浜別院を創立。1945年横浜大空襲により、完成したばかりの別院堂宇その他一切を焼失、その後25年間は仮堂のままご崇敬を続ける。1971年中区長者町より港南区日野へ移転。本堂復興事業の開始。1974年別院門徒並びに崇敬区域（神奈川四ヶ組）寺院のご協力により、鉄筋コンクリート建の本堂90坪、並びに庫裏が完成。2001年本山よりご門首をお迎えし、蓮如上人500回御遠忌法要を厳修。2010年宗祖親鸞聖人750回御遠忌お待ち受け神奈川大会（神奈川四ヶ組共催）をパシフィコ横浜で開催。2015年4月に宗祖親鸞聖人750回御遠忌法要を厳修（御親修）2016年4月より、神奈川教化センターを別院内に開設。現在に至る。